但争论的高潮还是出现了。2008年1月，广东省两会期间，南沙石化项目被列为当年重点建设的新开工项目。刘奕玲等14名省人大代表联名提交议案，以项目环评尚未审批为由建议缓建。
在紧接着3月份到来的全国两会上，该项目再一次成为代表委员争议的焦点:广州市长张广宁力挺项目落户南沙，而广东省环保局官员则透露，项目环评报告尚未交到省环保局初审。
而来自香港方面的质疑也多了起来。就在2008年广东省“两会”结束后不久，国际环保组织绿色和平就在香港发表文章，批评粤港两地政府缺乏环保协调机制—因为拟议中的南沙石化基地，距离香港只有60公里，要较广州市中心更近；而在今年3月4日，香港立法会议员余若薇在立法会会议上，更公开质疑南沙炼化一体化项目，并询问香港特区政府有没有通过粤港两地政府的沟通渠道表达相关的意见。
“南沙项目一切看环评。”面对诸多争议，广东省委常委、广州市委书记朱小丹一锤定音，而持相同意见的，还有广东省发改委和广东省环保局的相关官员。
据了解，为了开发南沙，早在2004年广州市政府就曾委托中山大学对南沙湿地的生态系统进行了专题研究，《广州南沙地区湿地生态系统研究》一书还作为研究成果在2006年10月由中山大学出版社出版。
“广州市方面要求4个月完成研究，但最后用了8个月才完成。”项目的负责人之一、中山大学环境科学与工程学院教授、联合国环境署/全球环境基金南中国海项目首席专家陈桂珠在去年3月份接受曾德雄的访问时说。
但南沙石化项目的环评最后却由北京师范大学环境学院负责。“虽然北京师范大学环境学院是全国实力最强的三大环评机构之一，但身在北方的他们对珠江口了解得很少，而中山大学环境科学与工程学院的环评实力也在三甲之列，且熟悉情况，南沙环评舍近求远实在令人费解。”曾德雄说。
时至今日，南沙石化环评报告仍没有向公众公开。有知情人士透露，北师大派来的环评人员对南沙湿地的统计与中山大学相差甚远，“将三角洲冲积平原写成旱地，刚好让湿地少了1万多公顷”；而对南沙鸟类状况的调查中，环评人员“拿走的还是中大的老师10年前的成果”，并没有进行实地的考察统计。
“广州市环保部门跟我们说，什么意见都可以提，什么话都可以骂，”陈桂珠对前来了解情况的曾德雄说，“他们是又想搞建设，又怕出事。”
与广州市热切支持石化项目落户南沙相比，广东省政府在回应公众质疑时显得尤为谨慎。在2008年3月25日广东省政府召开的新闻发布会上，广东省环保局副局长、新闻发言人陈光荣表示:支持南沙石化落户广东，但环评报告未批准通过前不得开工。
迁出南沙的明智与反思
形势终于在今年4月份逐渐明朗起来。先是在4月7日，广东省委书记汪洋在考察惠州时，对当地扩建大型石化项目的构想作出过提醒:好项目很多，大家不要都搞到重石化上去。
据分析人士指出，这意味着广东省领导层在听取民意的基础上，对大型石化项目作出了深层次的思考—因为时隔3个月之后，公开宣布南沙石化项目重新选址消息的，也是曾经表态“不要都搞石化项目”的省委书记汪洋。
接着是4月12日，正在参加广东番禺大型装备产业基地热电产业规划报告评审的周永章从广州市发改委一名处长处得知“南沙石化这个项目上不了了”。
“尽管这个项目原本已经过国家有关部门的同意，迁出难度极大，但从南沙石化项目的迁址可以看出，我们对环境问题的重视，同时也是我们充分尊重民众正确意见的表现。”汪洋7月30日在接受法新社记者提问时说。
“南沙以前的发展思路为重化工业，如今这个‘化’字可能要去掉了。一些重工业项目是不是还要继续上马，现在也在思量之中。”郑天祥表示，大型石化项目搁浅后，以前的建设百万人口城区的目标自然也应当作出相应的调整。在今年5月份，广东省发改委就以“南沙环境容量有限”为由否定了省人大代表“将广州石化总厂搬迁到南沙”的建议。
在得知南沙石化迁址这一消息后，原来的项目落户地—南沙万顷沙镇三民岛上的村民们却感到了一丝失望。为了这个项目，岛上已经“控规”了三年，不再批建新的楼房及其他建筑物。“连个厕所都不给建，娶媳妇都没房住。”有村干部向记者诉苦说。
据村干部介绍，三民岛上的村民“都希望(石化项目)快点(建设)”，因为这个项目不但可以给他们带来可观的征地补偿，而且会解决村民的就业、医疗和社保问题。“如今失望也没什么用了，政府决定要搬的话你也没任何办法。”8月4日早上，三民岛民建村委的一名干部在电话里无奈地说。
“一直以来，公众只是注意到了南沙石化的环保问题，讨论的是项目的合理性，却鲜有关于项目合法性的思考。”曾德雄认为，一个大型项目的开展，政府应该充分采纳专家建议，公开信息，透明施政，确保社会公众知情、参与，并制度化、规范化，以便有效落实，但南沙石化项目开展前却没有在人大进行过充分的讨论，项目进展也缺乏相应的透明度。
“作为人大代表，我是在一个酒吧里跟朋友聚会时得知这个项目的，这很不正常。”8月3日，在广州市社科院一间狭小的会客室里，曾德雄向记者讲述去年3月份他曾走访过的三民岛，当时那里的7500名村民正在做着工业致富美梦，如今这一梦想已确信离他们远去，“因为南沙石化项目缺乏正当的运作程序，村民们为此付出了一定的代价”。
“南沙石化迁址，背后包括了来自港澳的压力、广州当地市民的意见和环保部及有关审批部门的建议，”周永章强调说，“广东决定不在南沙上石化项目是明智的，这是吸取了厦门px项目的教训，也是吸取了民间、学界的意见而作出的科学决策，并不是人大代表和政协委员在两会上递一两个议案提案就能解决了的。”