槽式堆肥系统将可控通风与定期翻堆相结合，堆肥过程发生在长而窄的被称作“槽”的通道内。轨道由墙体支撑，在轨道上有一台翻堆机。原料被布料斗放置在槽的首端或末端，随着翻堆机在轨道上移动、搅拌，堆肥混合原料向槽的另一端位移，当原料基本腐熟时，能刚好被移出槽外。
槽式翻堆机与条垛式翻堆机相似，它用旋转的桨叶或连枷使原料通风、粉碎、并保持孔隙度。有些机器由传送带来传送堆肥、无需操作人员，机器利用控制开关可以自动工作。下图为槽式堆肥系统图。
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槽式堆肥系统
大部分商业堆肥系统包括通气管或安装在槽上的布气装置。在翻堆时，通过鼓风机鼓风并使堆肥原料冷却。由于沿着槽的长度方向放置的原料处于堆肥过程的不同阶段，因而沿着长度方向将鼓风槽分为不同的通风带。槽式堆肥系统可使用几台鼓风机，每台鼓风机把空气输送到槽的一个地带，并由温度传感器或定时器独立控制。
系统的容量由槽的数量和面积决定。槽的尺寸必须和翻堆机的大小保持一致。如果有搬运装置能使翻堆机从一个槽转移另一个槽上，那么一台翻堆机能处理几个槽。为了保护机器设备并控制堆肥条件，槽要建造在建筑物或温室内。如果在温带的气候条件下，则仅需加上顶棚即可。
槽的长度和预定的翻堆次数决定了堆制周期。建议的鼓风槽式堆肥系统的堆肥周期为2～4周。槽式堆肥系统的最大优点是堆肥周期短、堆肥产品质量均匀以及节约劳动力。尽管如此，整个系统的成本是比较高的。
国内目前有几家单位均在开展槽式翻堆机的研究和生产，一些大型堆肥厂采用槽式堆肥日处理规模可高达100余吨。