堆肥生产中，应根据产品用途制定相应的产品标准，并依据标准对产品质量作出判断。但由于多数产品标准不能反映堆肥的过程变化，并且其技术指标仅依照肥料标准制定，而堆肥的过程变化往往对堆肥质量产生重要影响，所以在生产实践中，通常将过程变化作为控制指标，并对其进行监测，主要的监测指标有：
（1）温度变化。温度上升及变化是否正常；
（2）气味变化。发酵正常时，原料的异味、臭味应在1—2天消失，后期应有发酵的味道或曲香味，腐熟堆肥应该为腐殖泥土味道；
一、堆肥温度监测
温度是堆肥的一个关键指标。系统会不会升温？它能保持多久？混合物怎样影响温度？所有这些都是堆肥工作人员所关心的。
热量是由微生物降解有机物产生的，可以根据堆肥温度来判断系统进行的怎样，以及分解过程怎样。例如，如果堆肥温度达到40或50℃时，则可以推断堆肥组分含有足够的氮和水分供微生物快速增长。
读取温度时，一定要确保将温度计深入堆肥内部，将温度计放置一会儿，使温度稳定后再进行读数，然后将其移至一新位置（包括从顶部边缘不同深度的几个位置的温度）。堆肥的温度有高有低，这主要取决于水分含量和堆肥组分的化学组成。堆肥温度变化有一定的梯度变化规律，对于底部有通风的系统，温度最高的位置大约在离底部2/3或更高一点的地方。
将堆肥温度随时间的变化情况作图，就可以判断分解过程进行的怎样。一个好的堆肥系统会在两三天内达到40或50℃。当可分解的有机物质耗尽时，温度开始下降，分解过程也相对变慢。
任何一点的温度都主要依赖于微生物产生了多少热量，以及通风和表面冷却损失的热量。而系统能保温多久则依赖于堆肥组分的化学组成，以及系统的大小和形状。水分含量同样会影响温度变化，因为水的比热比其他物质高，假如能维持足够的水分供微生物生长，那么较干的混合物的升温和降温都比较湿的混合物要快。
二、堆肥气味监测
尽管堆肥系统不可能没有气味，但一个好的堆肥系统不应该产生不良气味。堆肥过程中可以用鼻子觉察潜在的问题。例如，如果你闻到氨的气味，你的混合物可能是氮含量太高（C/N比过低），应该添加一些象秸秆或木屑等物质作为碳源。如果你闻到霉味，有可能是混合物太潮湿，可以通过增加更多的填充剂来改善它。如果不改变这种状况，太湿的堆肥有可能进行厌氧发酵，产生硫的恶臭味，这一点不容忽视。在室外堆肥中，可以充分搅动堆体以改变厌氧状况，尽管这样做开始会使气味更明显。
一个堆肥系统臭味的大量释放，通常是一些重要管理因素被忽略或误解的象征。导致臭味的常见因素有：
1） 水分含量太高
2） 孔隙度不够
3） 培养基的迅速退化
4） 堆体过大
所有这些因素都使氧气在耗尽之前难以渗入堆体内部，或者使气流在发酵区域周围短路，这样就造成厌氧情况。氧气运输的一个机制是扩散，这是外部空气（21% 氧）和堆体内部氧气浓度（如果厌氧的话为0）不同的作用。在强制通风或一处鼓风的系统中，通过自然对流促进扩散，但这种作用一般局限于堆体上部和外部。即使是强制通风系统，鼓风机的作用也大大受制于通气孔隙，因为氧气扩散需要从大气孔送到小气孔以及固体微粒周围。
三、堆肥常见问题的判断及处理
1.不升温
原因：水分过大或过小。
处理方法：调节水分。
2.升温后温度随即快速下降
原因：C/N过高，原料中有机氮含量太低。
处理方法；应采用含氮量丰富的有机屋料。
3.发酵过程中，异味、臭味浓
原因：C/N过低，或原料粒度过大，水分调节不匀。
处理方法：通过补充碳素原料调整C/N，或者降低物料细度，调匀水分。
4.发酵后期氨味渐浓
原因：物料水分偏大，pH偏高，发酵时间偏长。
处理方法：立即干燥。