欠征、欠缴、缓缴现象严重
审计发现，排污费欠征、欠缴、缓缴现象严重，未能及时足额征收到位。经审计，全省排污费欠征、欠缴、缓缴19975万元。如2008年洛阳市欠缴排污费4004万元。2007至2008年周口市欠征排污费1175.8万元。
挤占挪用排污费
审计发现，省辖市及所属县（市、区）普遍存在挤占挪用排污费问题，基本用于环保部门的超编和临时人员的工资、奖金、福利、办公经费、工作接待等方面，吃排污费现象依然存在。如平顶山市挤占环保专项资金1084.9万元。
部分市、县滞留项目资金
审计查出财政滞留1129.9万元。如在对部分省级环保投资项目抽查中发现，部分市、县财政滞留省级环境保护专项资金155万元，其中鄢陵县65万元，西平县60万元，驻马店市30万元。项目资金滞留的主要原因是，少数部门责任心不强，往往重收费、轻管理，重争取项目和资金、轻投放，造成环保专项资金拨付环节的梗阻现象。
排污费征收程序不规范
审计查出，部分项目进展缓慢。周口市2007至2008年14个污染源治理项目中，8个污染源治理项目未完成，未完成比例占57%，其中完成投资率不足30%的企业有5个。
另外，排污费征收程序不规范。主要表现一是未按规定时间、程序开具送达排污核定通知书和缴纳通知书，未按规定收缴排污费滞纳金及罚款；二是对已申报污染物排放量的部分企业没有下达排污核定通知书和排污费缴纳通知书，对未申报污染物排放量的部分企业直接征收，缺少排污核定程序；三是没有建立收费台账，地方收费票据不合规。