《条例》是对实施了15年之久的原法规的全面修改。新条例13000多字，分政府责任、监督管理、污染防治、生态保护与建设、公众参与、法律责任等章节，条文由58条扩展为85条。在制度创新方面，此次修订突出深圳地方特色，体现深圳对环境保护和污染防治的新理念、新要求、新举措。
创设政策环境影响评价制度
政策环评是对拟制订公共政策是否符合，环境保护法律、法规和环境政策要求，是否会对环境产生不良影响作出评价的制度，属于战略环评的一种。据介绍，目前美国、欧盟、俄罗斯和我国台湾地区等都建立了战略环评制度，而《环境保护法》、《环境影响评价法》等法律只对规划环评作了规定，未对政策环评制度作出明确规定，考虑到公共政策在社会经济发展中的重要作用，结合特区立法“先行先试”要求，新法规创设了政策环评制度。
《条例》规定，法规、规章和规范性文件实施后可能对环境产生重大影响的，起草单位在起草时应当组织进行环境影响评价，并形成政策环境影响评价说明书。政策环境影响评价说明书和审查小组的书面审查意见应当作为制定政策的重要依据。对应当报送而未报送政策环境影响评价说明书及其书面审查意见的政策，不予审议、审查。
实行行政首长环保实绩考核制度
政府履行环境责任的实效与环境质量直接相关，《条例》在整合现有制度基础上，新增了行政首长环保实绩考核制度，规定：市政府对区政府及市政府有关部门主要负责人、区政府对街道办事处及区政府有关部门主要负责人的环保实绩实施年度考核，并向社会公布考核结果。考核结果应当作为对被考核人任职及奖惩的重要依据。
《条例》还规定，市、区政府有关部门应当按照年度环境保护工作计划和任务分解方案完成相关环境保护工作任务，并定期向本级环保部门通报工作进展情况；市、区环保部门应当及时核查和通报有关部门的任务完成情况。
对特大环境污染事故可处300万罚款
《条例》对环境污染者的处罚力度也大大增强，并将处罚措施进一步细化。其中，对造成一般或者较大环境污染事故的，按照直接损失的20％处以罚款；直接损失难以核算的，对一般环境污染事故处10万元罚款，对较大环境污染事故处30万元罚款。对造成重大或者特大环境污染事故的，按照直接损失的30％处以罚款；直接损失难以核算的，对重大环境污染事故处100万元罚款，对特大环境污染事故可处300万元罚款。
《条例》还创设了按日计罚制度。对一些违法行为，经环保部门处罚后，不停止违法行为或者逾期不改的，环保部门应当对该违法行为实施按日计罚。按日计罚的每日罚款额度为一万元，计罚期间自环保部门作出责令停止违法行为决定之日或者责令限期改正的期限届满之日起至环保部门查验之日止。
免费提供塑料购物袋罚5000元
《条例》鼓励发展循环经济和低碳经济，《条例》严禁超市、商场、集贸市场等商品零售场所免费提供塑料购物袋，鼓励经营者在向消费者销售塑料购物袋同时，提供可反复使用的环保购物袋或者购物篮等容器，以供消费者选择购买，并采取有效措施鼓励消费者循环使用。而如果经营者未执行上述规定，将被罚款5000元。