之后，林翰章接听了部分市民对于环境污染的投诉，并帮助他们出谋划策，解决他们遇到的环保问题。
家住红荔路某小区的沈小姐反映，其所在小区附近的地铁建设已经很久了，不分白天和黑夜，有时候好点，有时候12时还不停工，家里装了隔音玻璃也挡不住噪音。很想知道，对于地铁施工，环保部门有没有限制措施，以减少对居民生活的干扰。
林翰章称，地铁施工，目前来看造成的影响是比较严重的。有一份材料称，10月之前，今年整个深圳的环境投诉将近7万宗，其中噪声占46%。而这其中，地铁施工占了很大份额。
深圳现有260多个地铁施工点，7号线和9号线也要马上开工建设，所以地铁施工的影响也许会更加严重。但是，这也是为了解决交通拥堵、机动车尾气污染等问题，为了2011年的大运会。
现在地铁投诉之所以多，一是因为工期很紧，主要轨道交通都要到2011年建成。二是交通管制，根据深圳的法律和深圳的实际情况，很多运土、运建筑材料的施工车辆白天不能上路。上路不但违法，而且还会造成交通拥堵，所以只能集中在晚上运输。三是管理不到位，比如工期时间、施工措施、人为噪声等没有按照要求进行。四是沟通协调不够，导致一些问题没有得到及时处理。
对于地铁施工的投诉，环保部门做过很多调查研究，分析原因，也向市政府反应过，由市政府出面和轨道办交涉协调，对环境保护提出了很多要求。首先，建立了预防机制，即所有的地铁施工都要经过环评，环评时会提出很多环保措施，并监督落实。施工方也要设立群众投诉接访室，听取群众意见。
同时，建立了部门联动机制，地铁施工涉及的部门有很多，包括当地街道办、区政府、轨道办、人居委等部门，一旦遇到问题，及时解决。另外，严格控制夜间施工牌照，尽量避免夜间施工，对于没有经过环保部门审批，擅自进行夜间施工的，按照法律严格查处，不论工期如何紧迫。