1. 宜选表面积大，不易堵塞、机械强度高、化学稳定性好的滤料。早期使用的填料有焦炭、陶粒、炉渣、石棉瓦、海砺子壳、瓷环、纸蜂窝、玻璃布蜂窝、聚氯乙烯斜交错波纹板等，近年来新出现的各种立体填料也相继用于塔式生物滤池。
2. 选用的填料密度要小，应分层装填，每层厚 2m。塔的高度再一定程度上影响处理效果。因微污染原水有机物含量不高，滤料层层数很多时，下层滤料上的生物膜生长不佳。建议滤料层设两层（4m），最多不超过三层（6m）。
3. 在塔身分层处设格栅，用来支承滤料，格栅由塔身支承。
4. 塔式生物滤池平面形状宜为圆形，有利于均匀布水，减少结构造价。
5. 设计负荷与原水水质、填料的选用、自然气候条件关系较大，应根据实验数据确定。建议运行水力负荷 10-14m3/(m2·h)，初期挂膜时水力负荷减半。
6. 通常采用顶部一次配水方式，为有效利用下层滤料、减少冲击负荷，可用多级进水方式。但多级进水方式管路复杂，易堵塞。塔径较大时，可采用电机驱动或水力驱动的布水方式。塔径小时，可采用固定式喷嘴布水系统、多孔管、溅水板等形式。
7. 一般采用自然通风，塔底有 0.4-0.6m 的空间，塔底周围留有通风孔，孔的总有效面积不小于滤池面积的 7.5%-10%。采用机械通风时，可在塔的下部设鼓风机或塔顶设引风机。
8. 为便于观察滤料上生物膜的生长情况，应在塔身的不同高度设观察孔。每层还应设测温孔、检修孔，并设有相应得通道和平台。
9. 塔式生物滤料底部设集水池，池内有效水深 0.5m 左右，超高 0.3m。
10. 塔顶超出滤料层变面 0.5m 左右，使布水装置免受风力影响。
11. 微污染水源在进入塔式生物滤料前应进行必要的预处理，以免水中杂物堵塞布水装置或堵塞填料层。