保障饮用水安全是农村环境保护工作的重中之重。黑龙江省通过采取科学划定和调整农村饮用水水源保护区，建立水质定期监测制度，依法取缔保护区内排污口，禁止有毒有害物质进入保护区等措施，争取到２０１５年，实现农村地表水集中式饮用水源地水质达标率达到８５％以上。
针对工业污染向农村转移倾向问题，黑龙江省提出将严厉打击违法排污行为，促进工业污染源稳定达标排放，淘汰污染严重和落后的生产项目、工艺、设备，严格执行环境影响评价制度，严防城市污染向农村转移。同时，通过积极引导和鼓励农民科学施肥，使用生物农药，严格实行秸秆禁烧等，缓解农业面源污染的问题。
此外，这个省还加大对畜禽养殖污染的防治，力争通过合理规划布局畜禽养殖业发展，科学划定畜禽养殖的禁养区、限养区，严格控制在重点区域、流域、生态敏感区新建规模化畜禽养殖场。到２０１５年，使规模化畜禽养殖场、养殖小区外排污染物达标率达到９０％，畜禽粪便综合利用率达到１００％。