选择填埋场衬层系统应考虑以下因素：
（1）环境衬层系统的最初选择过程应包括环境风险评价。根据衬层系统的不同结构设计和填埋场场区条件等运用风险分析方法确定填埋场释放物的环境影响，进而选择合理的衬层系统。
（2）场区地质、水文、工程地质条件如果填埋场场底低于地下水位，则衬层设计应考虑地下水渗入填埋场的可能性及对渗滤滤产生量的影响，并需要控制因地下水位上升而对衬层系统施加的压力。
（3）衬层系统材料来源从减少填埋场建设费用的角度考虑，衬层系统应尽量使用在场址区合理距离内可得到的自然材料。例如：在场址区及附近如果有黏土，应使用黏土作为衬层系统的防渗层与保护层；如果没有质量高的黏土，但有粉质黏土，则衬层可采用质量较好的膨润土来改性粉质黏土，使其达到防渗设计要求；如果没有足够的天然防渗材料，衬层可使用柔性膜或者天然与人工合成材料。
（4）废物的性质及与衬层材料的兼容性衬层材料的选择应与填埋废物具有相容性，废物的某些理化性质不能造成衬层的损坏，这就要求衬层具有化学抗性和相应的持久性。选择衬层系统时要充分考虑衬层材料和废物、渗滤液、气体成分的关系，尽量实现在可能温度条件下的完全兼容。
（5）施工条件 衬层系统的设计还要考虑施工方便。在铺设衬层时，衬层系统的每个单层不能危及其下一层。
（6）经济可行性 这是衬层系统选择中始终要考虑的基本因素。应该在满足环境要求的条件下，选择更为经济的衬层系统。另外，一般而言衬层系统很少采用单层衬层系统。但在某些环境中，如果场区地层具有低渗透性，地质屏障系统本身提供了一定的保护，就可以降低对密封屏障系统的要求，减少所需的额外保护。