堆肥虽然归类于好氧处理方法，但有机物在降解过程中绝大部分先是在厌氧状态下进行的。氧气溶解到有大量微生物存在的液相中并参与反应，这与废水生化处理相比要慢得多。如果假定微生物富集在固相表面的水膜里，通过理论计算可以确定，水膜中有很大一部分是处于厌氧状态的。
高分子有机物需先经过水解后溶于水相。在生物氧化受制约（如溶氧量不够或微生物浓度较低），或通风量不适宜时，一些小分子中间产物会扩散至气相中，产生气味污染。
臭气的排放是由生物氧化中半反应物（多在供氧不足的厌氧情况下生成）未被有效氧化就被不适宜的通风带出而引起的。在线检测氧气含量及自动化控制是解决这一问题的最佳途径。
堆肥堆同时发挥常规臭气过滤设备的作用，因此不需要特殊的厂房和密闭的料仓，不需要高投入的臭气净化装置。