目前许多小型造纸厂污水处理设施运行都不是很理想，主要表现在运行成本偏高，出水水质不稳定。出现这些问题的基本原因是设计不十分合理，操作不当，没有把水处理和清洁生产结合起来。
河南某纸业公司于2005年自行实施建成3000立方米/天污水处理设施一套。采用的处理方法也是目前广泛应用的活性污泥生物处理法。该方法工艺设计简单易行，操作管理方便，投资少，吨水投资160元。运行费用也相当低廉，吨水处理成本只有0.12元。设备总装机容量29千瓦，吨水电耗0.05元。运行一年多以来，出水codcr一直稳定在80mg/l以下，现已经通过了环保部门的验收。该公司水处理工程从设计施工和操作管理等方面给中小型纸厂提供了相当好的宝贵经验。
该公司现有的1880mm和1575mm圆网多缸板纸机各一台，以国内occ为原料生产高强瓦楞纸和纱管原纸。生产车间日废水排入量2000吨。设计的污水处理能力为3000立方米/天，其工艺流程为：
废水经格栅进入到初沉池，后竟如通有鼓风机和营养物的曝气池，后经二沉池进入贮水池，后达标排放或车间回用。其中初沉池和二沉池的污泥进入到污泥浓缩池，经泥浆泵进入污泥脱水机，其滤水回到初沉池利用，泥饼外用。另：絮凝剂经药液罐和计量泵后加入到污泥脱水机之前污泥中。该流程的主要污染物的总去除率 codcr≥90%，bod≥88%，ss≥95%。
该纸业水处理设施运行比较理想的原因，除了工艺设计简捷合理外，更重要的是将清洁生产和有实效的管理措施与水处理结合的非常到位，重点采取了以下措施：
1、 严格控制原材料的收购，从源头削减污染物：
清洁生产主要是指不让有害物质进入生产工序。上道工序的杂物不能或尽可能少的流入下道工序。原材料进厂关是至关重要的第一关，往往容易被企业忽视。该纸业公司非常注重废止原料的收购，宁可提高收购价格，也不允许杂质含量高的废纸进入工厂。收购中制定了严格的检测手段。原料进厂后，还要组织得力的人员进行分拣。将10%以上的杂质不流入生产程序。这样做不仅提高了产品质量，减轻了设备负担，更重要的是不使有害物质流入水体，从而大大降低了水处理负荷。
2、改进生产工艺：
在生产工艺中，选用较为先进节能的废纸处理设备，提高生产效率，由于这些设备除渣有力强，每道设备均能达到特有的功效，保证了浆料的净化，上道工序的杂质尽可能较少的流入下道工序。例如：水力碎浆机工作时尽可能提高该机的水力作用，使纤维达到最大的碎解度，并最大程度的保持杂质的原貌被及时清除。通过这些措施，不仅提高了除渣率，而且吨废纸的碎解电耗降到30度以下，达到最经济的数据。纤维分离机和压力筛等关键的净化设备也都同时达到最佳工作状态。这样，从生产工艺上做了清洁生产。
3、 严格做好生产用水的合理循环使用：
在生产工艺设计中，严格控制生产用水的合理循环使用。后段的水尽可能100%用于前段工序，做到严密控制被充的清水，也做到了严格控制用量，既保证了正产生产又要做到节约用水。纸机烘缸的冷凝水也100%回收利用，这样不仅节约了水资源，也大大降低了水处理量。
4、 造纸工艺中，采用新型助留剂：
该企业自行配制高效复合型助留剂，这种助留剂被巧妙地加到纸机抄造的过程中，效率很高的助留剂将大量的细小纤维留在纸上。减少流失、降低了纸机白水浓度。这种高效助留剂的主要成分是甲壳素。甲壳素是由虾、蟹等甲壳类动物的外壳中提取。是目前自然界中发现的唯一带正电荷的可使用性动物纤维，也是一种脂质吸附剂，其吸附指数为1∶50.这种有机质的助留剂具有絮凝作用，加强了一沉淀池固形物絮凝速度。
再生纸废水负荷主要反映在ss、cod、bod和色度四个指标，其中后三个指标均是由ss超标引起的。废水中ss大部分为细小纤维，如何最大限度的除去废水中的ss是废水处理的关键。利用甲壳素制取的助留剂，将大部分细小纤维留在纸上，ss去除率很高，使一沉池cod去除率达到30%以上，由于这种助留剂是有机质，并兼有絮凝作用，代替了传统的pac和pam。价格低，吨纸成本只有5元。这就大大降低了水处理成本。
5、 以农家肥做营养：
在水处理系统中的好氧曝气池中，由于前段处理效果很好，使曝气池进入cod较低，无需投加传统的n、p等营养盐，只需要加少量的农家肥就可以了。这就简化了操作和管理，更进一步减少了水处理成本。
6、 强化管理：
建立健全水处理厂的管理制度，把水处理厂视为制浆造纸生产全过程中不可分割的重要组成部分，指派文化基础好，技术水平较高的人员去操作和专门管理，在着眼生产全过程用水的同时，也不能放松对每个细节的管理。才能保证水处理系统的正常运行。
从该纸业水处理运行经验中可以看出，要达到理想的水处理效果必须做到：工艺设计可靠合理和清洁生产相结合，力求做到杂质“少进多出”，科学管理要严密细致。